Untuk mendukung pelaksanaan program maka struktur organisasi pusat studi dikembangkan menjadi:

Kepala Pusat Studi Budaya Nusantara :

Dr. Prudensius Maring, M.A

A. Divisi Program Edukasi :

Dr. IGP Wiranegara, M.Sn

M. Iqbal Naufal, M.I.Kom

B. Divisi Riset dan Publikasi :

M. Ady Nugeraha, M.Sn

Ricky Widyananda P, M.Sn

C. Divisi Kerjasama dan Pengembangan :
Dr. Prudensius Maring, M.A

D. Kesekretariatan :
Yuliana Choerul Reza, S.I.Kom